当天，CZ600航班从纽约起飞约一个半小时后，58B座位的女性旅客在洗手间发现自己出现了出血症状，立即告诉了区域乘务长刁丽莎。根据旅客自述，她于10月20日在纽约进行了子宫肌瘤相关手术，乘坐飞机是术后12天，当时感觉头晕、腹部无痛感，流血不止。乘务人员立即把情况报告机长王锐，同时启动空中急救程序。机上旅客包括来自四川省人民医院的杨医生和成都市中医药大学附属医院的高医生主动提供帮助。随着病情发展，医生判断她可能出现了休克。
机长王锐接到报告后，马上赶到现场，询问情况。医生判断该旅客情况危急，需尽快落地救治。王锐决定按预案备降雷克雅未克-凯夫拉维克机场，为救治旅客争取宝贵时间。
北京时间18:40，第二机长肖一向冰岛管制报告这一机上紧急情况，申请立即改航雷克雅未克-凯夫拉维克机场，并将情况通知南航广州总部。
执行此次航班的机型是波音777-300ER，飞机的最大落地重量是251吨。由于飞机才飞行了四个多小时，飞机的重量远超过最大落地重量，需要放油43吨。得到冰岛管制许可后，飞机开始沿着海面上的航路空中放油。20分钟的抛油过程中，43吨燃油被释放掉。由于雷克雅未克-凯夫拉维克机场没有南航办事处以及地面代理，此次也是南航客机首次备降冰岛。事件发生后，南航启动国际航班境外备降保障处置，及时与南航纽约办事处及当地机场、管制等相关部门进行沟通协调，获准进行备降。
北京时间20:35，飞机平稳降落在雷克雅未克-凯夫拉维克机场。落地后，救护车、海关、边防和检疫第一时间到位。医疗人员进入客舱后，对旅客进行初步检查，立刻送往当地医院急救。
CZ600航班于北京时间22:49从雷克雅未克-凯夫拉维克机场起飞前往广州，过站时间仅为1小时50分钟，并于北京时间11月4日10:21抵达广州白云国际机场。
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