在提升重大疫情防控能力上，深圳计划分两步走。一方面，近期立足补短板，到2022年，深圳建成统一指挥、反应灵敏、协调有序、运转高效、保障有力的公共卫生应急管理体系，打造国内一流的疾病预防控制中心和传染病区域医疗中心，公共卫生服务水平和应急管理软硬件水平显著提升，应对重大突发公共卫生事件能力达到国内领先水平。
另一方面，中长期力争创一流，到2025年，深圳将建成全球一流的疾病预防控制中心和传染病区域医疗中心，打造具有重要国际影响力的公共卫生学科领军人才队伍，建成一批具有示范引领作用的公共卫生创新平台，公共卫生服务水平和应急管理能力达到国际一流水平，重大传染病防控救治能力达到全球领先水准。
值得关注的是，重大疫情防控能力的提升，不是卫生行政部门一家的事，深圳也着力构建党委领导、政府负责、社会参与的公共卫生社会治理格局。其中，公共卫生应急管理工作将纳入各区党政主要负责人的任期考核，也将成为一把手的“必修课”。
重大疫情发生时，将患者送往定点医院是基本原则。新冠肺炎疫情期间，深圳设置了29家疑似病例收治医疗机构，主要收治可疑病人，在确诊后，转送至定点医院。未来，传染病战略后备医院也将参考这一模式，一方面接受可疑病人，确诊后转入定点医院救治；另一方面，医院自身完善发热门诊、负压病房、负压急救车等硬件建设，加强感染科、重症医学科等学科和人才建设，作为后备力量救治患者。同时，深圳将加快构建“传染病区域医疗中心＋传染病战略后备医院＋发热门诊网络医院”为主体的传染病救治医院网络体系。
疫情期间，社区工作者、社区医务人员、社区民警构建的“三位一体”模式发挥着重要的作用，未来在基层防控上，深圳也要加码。“三位一体”联防联控的模式将成为常态化，同时引导社会组织等参与公共卫生社会治理。社康中心作为市民基本医疗卫生服务基础平台，未来，也将成为重大疫情防控的“桥头堡”。据悉，深圳将推动疾病预防控制中心力量向社康机构下沉，提升社区基本医疗技术支撑和公共卫生服务能力。
疫情防控，也要有法可依，健全公共卫生应急管理法治体系也是一大重点。根据计划，深圳将加强公共卫生特区立法工作，加快出台《深圳经济特区健康条例》和《深圳经济特区突发公共卫生事件应急条例》，健全公共卫生安全制度规范，深圳的这一立法举措，在国内尚属首创。目前，两部特区条例立法工作已列入今年市人大常委会立法计划。
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