安倍16日下午在首相官邸会见了纳吉布。会谈中，安倍承诺向马海警提供日本海上保安厅退役的2艘大型巡视船。此外，为提高马来西亚的海上警备能力，日本还将为其提供7亿日元的无偿贷款。日本时事通讯社称，围绕南海问题，两国同意“以和平的方式解决（争端）”，并强调“法治原则”。时事通讯社认为，这是两国在联合牵制中国。《读卖新闻》则宣称，马来西亚在南海问题上与中国有分歧，“日本与其合作，能对中国施压”。日本《每日新闻》称，安倍在访美前再次联合东盟大国马来西亚表明态度，希望对中国的海洋活动进行牵制。
日本共同社15日在对纳吉布进行采访时，也特别就“马中有领土纷争的南海问题”提问，纳吉布的回应是，应进行冷静合理的对话，通过基于法治原则的和平协商加以应对。
而马来西亚媒体报道纳吉布访日的消息时，南海显然不是重点。马官方新闻社马新社称，纳吉布访日主要围绕经济贸易合作展开，马新高铁事宜也是重点之一。报道仅提到，纳吉布此访谈到了南海话题，并未进行具体报道。事实上，据《环球时报》记者观察，马来西亚向来都对马中在南海问题上的争议冷处理，南海争议很少会成为马舆论的焦点。
本月初，纳吉布访华时，中马发表的联合新闻声明就南海问题明确提到，两国认为，不直接相关方介入有关争议无助于问题的解决。
在新马高铁项目招标问题上，安倍大力推销，向纳吉布呼吁采用新干线方案。纳吉布向安倍保证，高铁项目的招标将公正透明。不过日本共同社注意到，纳吉布虽然对新干线投标表示欢迎，高度评价其安全性，但同时表示“（新马高铁）是马来西亚的最大基建项目，费用是关键”。日本舆论认为，马方暗示将倾向于更加有价格优势的方案，或意味着日方在新马高铁竞争中将落后于中国。
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